Il Santuario della Madonna delle Grazie è situato dove un tempo era presente una piccola cappella dedicata al culto della Madonna, nei pressi del fiume Lambro. La prima pietra venne posta l’8 settembre del 1463 e i frati francescani dell’Osservanza celebrarono la prima Messa Domenica 18 ottobre 1467.
La chiesa fu costruita sopraelevata di quattro gradini rispetto al livello del terreno per far fronte alle possibili esondazioni del fiume Lambro; la chiesa presenta una pianta unica con cappelle laterali, suddivisa, a due terzi della lunghezza, da un tramezzo decorato, in origine, con le scene della vita di Gesù: era come un diaframma che separava la cosiddetta chiesa dei laici da quella dei frati. Le parti del coro e del campanile si ritiene che vennero aggiunte nel XVI sec. in seguito agli emendamenti del Concilio di Trento. Al XVII sec. risale l’edificazione del muro di cinta che delimita la proprietà sacra dalla città e la sostituzione del ponte ligneo, che permetteva ai fedeli provenienti dal parco di accedere al Santuario, con un ponte più resistente di pietra. Nel 1633 si appoggiò alla facciata della chiesa un portico con colonne sacrificando così metà facciata con le due finestre a sesto acuto e il rosone centrale sostituito con una trifora. Nel XVIII gli ambienti interni vennero per lo più imbiancati e in prossimità del già citato ponte, fu eretta una colonna, dapprima in legno poi in ferro, sormontata da una croce a indicare l’inizio della zona sacra. La colonna nel 1936 fu trasportata all’interno del giardino della Via Crucis. In seguito all’editto napoleonico che prevedeva la confisca e l’espulsione dei religiosi dalle chiese e dai conventi, nel 1810 il Santuario venne chiuso, depauperato ed abbandonato. Durante gli ultimi anni del medesimo secolo, la chiesa era stata adibita a magazzino di foraggi e il convento in caserma.
Il 17 dicembre del 1893 un incendio alimentato da 5.500 quintali di fieno della Casa Reale distrusse tutti gli affreschi, gli stalli del coro cinquecentesco e gli ultimi quadri rimasti a muro, scampati dalle razzie napoleoniche. Sempre alla fine del XIX sec. un fulmine squarciò un albero del giardino principale, questo cadde e distrusse due stazioni della Via Crucis, le altre dieci furono demolite nel 1897 su ordine di un ingegnere della Real Casa.
Nel 1931 i francescani della Provincia di Milano ripresero il convento e il servizio del Santuario delle Grazie. Realizzando via via interventi sull’intero complesso per riabilitarlo al decoro e bellezza della chiesa, alla funzionalità della vita fraterna e alle attività pastorali e caritative. L’8 dicembre dello stesso anno la venerata immagine della Madonna delle Grazie, venne riportata nel Santuario con una solenne processione cittadina. Si tratta di un dipinto a guazzo che gli esperti attribuiscono al sec. XV raffigurante l’annunciazione.
Nel 1946 venne realizzato il nuovo altare maggiore ad opera dell’architetto Giovanni Muzio e nel marzo di quello stesso anno il card. Ildefonso Schuster, allora arcivescovo di Milano, benedisse le nuove campane e consacrò il nuovo altare e il Santuario stesso.
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Ai nostri giorni il Santuario delle Grazie si offre come uno spazio di accoglienza materna dove incontrare il Signore nel silenzio e nella preghiera personale e dove celebrare i misteri dell’Eucaristia e accostarsi alla Misericordia nella Confessione. Presso il Santuario i poveri possono trovare la loro mensa quotidiana e i giovani un’attenzione particolare di incontro con la Parola di Dio e accompagnamento spirituale. I francescani laici, adulti e giovani, condividono la “mission” di S. Francesco d’Assisi con i frati, con momenti formativi e iniziative specifiche.
Da qualche anno sono in corso le domeniche di formazione, preghiera, condivisione per giovani famiglie, oltre che giovedì quindicinali per approfondire la Parola del Nuovo Testamento con chi desidera condividere passi maturi per la fede.